Unity5.3のMonoDevelopでコピーアンドペースト(Copy&Paste)が出来なくなったら以下で直ります。
- タブをすべて閉じる
- メニューから[Build]->[Clean All]
- メニューから[Build]->[Build All]
- MonoDevelopの再起動
人によっては再起動しただけで大丈夫なケースもあるようです。MonoDevelopは昔からこの問題があるようです。
http://answers.unity3d.com/questions/585997/monodevelop-401-copy-paste-issue.html