Unityのナビゲーション・探索システムでは、フィールドにBake(焼く)ことで、NavMeshAgentがそのフィールドを移動でき、NavMeshObstacle(障害物)を用意することで、その領域を移動できなくします。
ナビゲーションの設定は1つ1つのタイルに対して行うのではなく、1つ大きな100×100などのQuadを用意して、そこにBakeします。ちょうど以下のような感じです。NavMeshObstacleコンポーネントが付加されているオブジェクト移動できなくなるため、灰色になり、移動できるところは水色になります。

このままでもよいですが、今回は最大領域から落ちたりしないように、四方をマスキングしました。

まとめ
マップを自動生成して、NavMeshAgentが移動できるようになったのであとは細かい修正を残すだけとなりました。