メニューから[Edit]→[Project Settings]→[Player]でインスペクターに、PlayerSettingsが表示されるので、”Default Is Full Screen”のチェックを外すと、デフォルトでWindowモードになります。また解像度指定も可能になります。
ここで、製作者の名称やログ出力の設定なども可能なようです。マニュアルも日本語であるので細かい設定が気になる人は確認してみるとよいでしょう。
http://docs.unity3d.com/jp/current/Manual/class-PlayerSettingsStandalone.html
いくつかすぐ使いそうな項目としては以下などでしょう
- User Player Log ユーザーログ出力
- Display Resolution Dialog 解像度変更ダイアログの非表示
- Allow Fullscreen Switch フルスクリーンの無効化